Диаметр фюзеляжа сохранили 2,9 м, что определило размещение кресел по 4 в ряду. Но в остальном Ту-124А разительно отличался от предшественника. Двигатели разместили точь-в-точь как на «Каравелле», но хвостовое оперение было не крестообразным, а Т-образным. Площадь вертикального оперения увеличили по сравнению с Ту-124, а руль направления впервые в практике ОКБ оснастили гидроусилителем. Площадь же горизонтального оперения, напротив, уменьшили, посчитав, что расположенные сзади мотогондолы будут играть роль дополнительного стабилизатора. По форме в плане крыло нового самолета напоминало крыло Ту-124: задняя кромка имела излом. Стреловидность по линии 1/4 хорд равнялась 35", как и на Ту-124, но размах увеличили с 25,55 до 29,01 м. Под центропланом сохранили посадочный щиток.

По сравнению с Ту-124 новая схема давала ряд преимуществ. «Чистое» крыло (без двигателей) позволило применить более эффективные закрылки и увеличить подъемную силу. Хвостовая часть и оперение были менее вибронагружены, т.к. не подвергались воздействию реактивных струй от двигателей, а значит, снижался риск усталостного разрушения. Стабилизатор был меньше подвержен влиянию скоса потока с крыла, что повышало продольную устойчивость. Благодаря коротким воздушным каналам двигатели работали в выгодных условиях. Заметно снижался уровень шума и вибраций в салоне, а также риск повреждения двигателей посторонними предметами при движении по земле. При разрушении двигателя обломки лопаток не попадали в салон. Упрощались обслуживание и замена двигателей.

Но были у этой схемы и серьезные недостатки. В частности, усложнялось обслуживание хвостового оперения. Из-за переноса двигателей центровка пустого самолета стала более задней. Чтобы восстановить ее, пришлось крыло сдвигать назад, соответственно возрос изгибающий момент, действующий на носовую часть фюзеляжа, который пришлось усилить и, естественно, утяжелить, что снизило полезную нагрузку. Одновременно выросла боковая площадь впереди центра тяжести, что заставило увеличить площадь киля. Высоко поднятые двигатели создавали пикирующий момент, и скорость самолета при подъеме носовой стойки шасси на взлете стала больше, а значит, выросли и усилия на штурвале.